لمنقوع البابونج فوائد صحية كثيرة، ومن أبرز هذه الفوائد:

1- تعزيز المناعة

 البابونج مضاد حيوي (Antibiotics) طبيعي وفعّال، إذ يعمل البابونج على تعزيز المناعة وزيادة حصانة الجسم ضد العدوى والالتهابات، وبهذا فإن مغلي البابونج قد يكون فعال في علاج الإنفلونزا، وأمراض البرد، والتخفيف من أعراضها.

2- علاج الأرق واضطرابات النوم

مغلي البابونج مهدىء للأعصاب ويساعد على الاسترخاء، وتناول من 3 إلى 4 أكواب من مغلي البابونج يساهم في علاج الأرق، وقد أكدت الدراسات والتجارب المخبرية على الحيوانات أن تناول كميات صغيرة من البابونج قد يساهم في تخفيف القلق ويساعد على النوم وحل مشاكل اضطرابات النوم.

3- الأمراض الجلدية وتقرحات الفم

مغلي البابونج أو الاستخدام الموضعي له قد يساهم في علاج بعض المشاكل الجلدية وتهدئتها مثل؛ الأكزيما (Eczema)، والتهاب الجلد وطفح الحفاظات، كما أن البابونج مفيد كغسول للفم، ويساهم في علاج تقرحات الفم وتعزيز صحته.